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NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估

產(chǎn)品時間:2022-04-28

簡要描述:

NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估旨在用于驗證、優(yōu)化和過程評估目的。它由猶他州/歐洲血統(tǒng)的女性全.人類基因組樣本組成,可用于評估基因組測序中變異調用的性能。


本公司專業(yè)代理NIST國際標準品,詢價訂購: 。


參考資料 8398

用于全基因組變異評估的人類 DNA

(猶他州之女/歐洲血統(tǒng))

(HG-001)


此參考材料 (RM) 旨在用于驗證、優(yōu)化和過程評估目的。它由猶他州/歐洲血統(tǒng)的女性全.人類基因組樣本組成,可用于評估基因組測序中變異調用的性能。一個 RM 8398 單元由一個裝有人類基因組 DNA 的小瓶組成,該基因組 DNA 是從單個大生長的人類淋巴母細胞系 GM12878(標記為 HG-001)中提取的。

科里爾醫(yī)學研究所(新澤西州卡姆登)。該小瓶含有大約 10 µg 基因組 DNA,DNA 位于 TE 緩沖液(10 mM TRIS,1 mM EDTA,pH 8.0)中。


該材料旨在通過獲得真陽性、假陽性和假陰性的估計值來評估人類基因組測序變異檢出的性能。測序應用可能包括全基因組測序、全外顯子組測序和更有針對性的測序,例如基因組。這種基因組 DNA 的分析方式與實驗室處理和分析提取的 DNA 的任何其他樣本相同。由于 RM 是提取的 DNA,因此它對于評估 DNA 提取等分析前步驟沒有用處,但它確實挑戰(zhàn)了測序文庫的制備、測序機器以及作圖、比對和變異調用的生物信息學步驟。此 RM 并非旨在評估后續(xù)的生物信息學步驟,例如功能或臨床解釋。


NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估

信息值:

為單核苷酸變異 (SNV)、小插入和缺失 (indel) 以及純合參考基因型提供信息值。 v3.3.2 基準測試集涵蓋了大約 91% 的 GRCh37 組件和 85% 的 GRCh38 組件(不包括組件中的間隙),使用方法參考 1 中描述的信息值。信息值被認為是 RM 用戶感興趣和使用的值,但沒有足夠的信息來評估與該值相關的不確定性。我們使用當前可用的數(shù)據(jù)和方法描述和傳播我們對基因型的最佳、最自信的估計。隨著新數(shù)據(jù)的積累以及測量和信息學方法的出現(xiàn),這些數(shù)據(jù)和基因組特征將隨著時間的推移而得到維護。 HG-001 的數(shù)據(jù)可在國家生物技術信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案的 BioSample SAMN03492678 下找到。信息值以變體調用文件 (vcf) 的形式給出,其中包含基準 SNV 和小插入缺失,以及一個制表符分隔的“床"文件,該文件描述了基準區(qū)域,其中任何不在基準 vcf 中的其他變體都應該是錯誤。信息值不能用于建立計量溯源性。

RM 8398來自人類淋巴母細胞系,用于研究用途。既然沒有達成共識


提取DNA的感染狀態(tài),處理RM 8398成分作為生物安全等級1的材料


根據(jù)疾病預防控制中心(CDC)辦公室的建議,傳播傳染病


安全,健康,環(huán)境和國家衛(wèi)生研究院(NIH)[2]。


儲存和使用說明


儲存:RM 8398在NIST儲存在-20°C,但將與冷凍包一起運輸,可能不會冷凍到達。


NIST SRM 8398 人類DNA 全基因組變異評估收到后應在-20°C的黑暗處長期保存,或在4°C的黑暗處短期保存


儲存(如果即將使用)。


使用:建議在將vcf與基準vcf進行比較后,只使用基準中的變量


區(qū)域被認為是真陽性、假陽性和假陰性。另外,要了解原因


假陽性和假陰性,包括基準集中潛在的錯誤,強烈建議使用


在假定的假陽性和假陰性的子集周圍,用戶使用


基因組瀏覽器。為性能指標和工具開發(fā)標準化定義,以比較不同的調用


全球基因組學和健康團隊聯(lián)盟發(fā)布了最佳實踐


對于人類基因組中生殖系小變異呼叫的基準,我們強烈建議遵循[3]。


隨著測序技術和分析方法的改進,這些基準呼叫和區(qū)域將更新


本調查報告將定期更新至


反映重要的新發(fā)布。當前版本包含相對于GRCh37的小變體基準集


和來自基因組參考聯(lián)盟的GRCh38參考組件。來自各種技術的數(shù)據(jù)集


對于這個基因組的描述見文獻4。


源制備(1)


科里韋爾醫(yī)學研究所(Camden, NJ)在多個階段對其細胞系GM12878進行了大量生長,


提取大約83毫克的DNA,然后混合DNA,和DNA一起放入小瓶


大致相等地分成小瓶。具體來說,細胞池被分成三個單獨的DNA體積


提取后,將提取的DNA重新混合,在4℃下輕輕混合48 h以上,再取料


自動分配到10 μg DNA的小瓶中。


注:該RM是分離的DNA而不是活細胞,因為細胞不太穩(wěn)定,可以隨每個細胞發(fā)生突變


因此活細胞的序列可能不會隨著時間的推移而穩(wěn)定。從大量細胞中提取DNA


有助于確保所有小瓶含有基本相同的DNA序列。DNA現(xiàn)在可以從這個地方找到


但其DNA序列可能含有微小的差異


不同批次的細胞發(fā)生不同的突變。


穩(wěn)定性:通過脈沖場凝膠測量DNA的大小分布來評估穩(wěn)定性


電泳(但是脈沖場凝膠電泳的出現(xiàn))。使用PFGE,在4℃保存8個樣品后,未檢測到尺寸分布的變化


在37℃保存8周后,其大小分布明顯下降。此外,沒有變化


經(jīng)過5次凍融循環(huán)、大力移液或渦旋后檢測。然而,因為我們只測量尺寸



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